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PCR实验室也会不断产生废水，其污染类型多、成分复杂，处理起来也给实验室管理工作带来了一定的挑战。这些废水对人体和环境都有一定的危害，其中一些难以降解，可以长期存在于环境中，一些在降解过程中产生二次污染，更严重通过食物链富集到人体中引起毒性，因此，医学检验PCR实验室废水处理尤为重要。
实验室废水主要来自医疗仪器检测、门诊处理、病理检验、疾控中心产生的含有大量的病原细菌、病菌和化学试剂等。其中，医学检验科PCR实验室废水污染主要包括：
1.扩增产物、天然基因组DNA；
2.重金属，如铜、铅、锰、六价铬等；
3.致病病原体，如虫卵、细菌、病毒等；

试剂、放射性同位素；
5.各类器皿洗涤废水。
这些废水其自身的特殊性质，量少、间断性强、高危害，成分复杂多变。为了减少城市污染负荷，废水排放时达到国家《国家医疗机构污水排放标准》（GB18466-2005）表二标准排放要求。并且根据环保部门“三同时”的要求，以保护环境为根本出发点，拟在医院所在地新建现代废水处理设施，保证外排废水实现达标排放。
那么，我们在做好处理这些废水的前提下也应当做好污染的预防和控制。要避免实验室各种废水的污染，首先应该是预防，而不是排除。
1、实验工作区域的严格划分
各个实验区域要有明显的标记（如醒目的门牌或不同地面颜色等），以避免各个不同实验区域设备物品、试剂等发生混淆。
2、合理的系统设置
合理的空调通风系统设置，尽量采用全送全排的空调系统;严格的气流压力控制，保证不同的实验区内不同的压力要求。
3、规范的操作
临床基因扩增检验实验室的技术人员必须进行上岗培训，在实验操作过程中，操作者必须戴手套，并经常更换。清洁工作及时、正确。实验工作结束后，必须立即对本区进行清洁。
4、严格的管理
严格控制进出实验室的人员，在各个实验区域使用带有明显标注的工作服（如不同颜色），减少在实验区不必要的走动以减少交叉污染的可能性。特别是扩增产物分析区是最主要的扩增产物污染源，废水不能在实验室中倾倒，必须经消毒浸泡后再远离实验室的地方统一分类收集后统一处理。
有实验的地方，就不可避免的会出现实验室污染。基于实验室的废水污染危害大，并且结合验室工作人员的身体健康有损害。PCR实验室废水水质复杂、动态时变的特点，上海优普运用成熟的处理工艺，生产出UPFS系列实验室废水处理机，可以根据不同废水的水质及水量特征，调整工艺设备组合及工艺流程参数，在一体化机组内完成各类实验废水的处理。
经过处理后的废水排放PH、色度、悬浮物、COD、重金属、大肠杆菌等各项指标检验均优于【GB8978-1996】《污水综合排放标准》及【GB18466-2005】《医疗机构水污染物排放标准》或预处理排放要求。
随着PCR技术广泛应用，并且已经得到长足的发展，成为临床一些疾病诊断和预防控制领域的有力工具。为避免在PCR实验室内出现各种废水污染，假阴性和假阳性结果等现象，确保检验结果准确性，选用优普系列实验室废水处理可以将废水污染降到最低，将病毒扼杀在实验室内，把好安全防疫关。